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农产品收购发票具有扣税和结算双重功能，由购货方向销货方开具。税收征管实践中反映出此种发票难管、难查，亟待采取有效措施予以解决。
一、农产品收购发票管理的难点
难点一：开填对象难以确认。农产品收购单位、个人购买农业生产者自产农产品应向其开具农产品收购发票（以下简称收购发票），收购发票的领购对象是农产品收购单位、个人，开填对象仅限于销售自产农产品的农业生产者。农业生产者销售自产农产品免税。个体工商户、小规模企业、增值税一般纳税人之间买卖农产品应由销货方向购货方开具商业销售发票或增值税专用发票，购销双方均应照章纳税。该项发票开填规定赋予了农产品收购单位、个人鉴别农产品销售者身份的义务，但事实上农产品收购单位、个人无能力对农产品交售者逐一作到底是农业生产者，还是个体工商户、小规模企业的身份认定，同时，税务机关也无力对农产品销售者的身份逐一进行界定。现行政策规定，税务机关无证据证明销售者不是“农民”和不是销售“自产农产品”的一律按照农民销售自产农产品执行政策。一个县每天的农产品交易笔数成百上千，而一个县（区）局的国税干部只在百人左右，是无力去作此项身份认定和产品界定工作的。由此导致农产品收购单位、个人不应向向其销售农产品的个体工商户、小规模企业开具收购发票，而开具了收购发票，扩大了收购发票开填范围，让不应享受免税政策从事农产品购销的个体工商户、小规模企业享受了免税政策。……